Klinik sains merupakan kegiatan yang dilaksanakan oleh Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta untuk membina siswa yang mempunyai bakat bidang sains. Kegiatan ini terdiri dari Mapel Matematika dan Mapel IPA. Sebelum dilaksanakan pembinaan, siswa akan diseleksi dulu.

Seleksi Klinik Sains tahap 1 telah dilaksanakan pada hari Selasa tanggal 4 Agustus 2020 dengan system daring, siswa mengerjakan goegle form di sekolah masing-masing dengan pengawasan dari Dinas Pendidikan melalui video zoom. Kegiatan ini diikuti oleh 117 sekolah dasar negeri dan swasta di Kota Yogyakarta. Jumlah peserta seleksi terdiri dari 400 siswa terdiri dari 200 siswa mengikuti mapel matematika dan 200 siswa mapel IPA. Dari hasil seleksi 1 diambil 55 nilai tertinggi untuk mapel matematika dan 50 nilai tertinggi untuk mapel IPA untuk mengikuti seleksi klinik sains tahap 2.

Siswa yang lolos seleksi Klinik Sains tahap 1 mengikuti seleksi tahap 2 pada hari Jumat tanggal 7 Agustus 2020  bertempat Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta. Kegiatan diikuti oleh 38 sekolah negeri dan swasta dengan jumlah peserta 55 siswa mengikuti mapel matematika dan 50 siswa untuk mapel IPA.

Kegiatan dilaksanakan dengan pengaturan jadwal sedemikian rupa untuk mengurangi bertemunya siswa di ruang 1 dengan siswa di ruangan lain. Untuk memenuhi syarat physical distancing, 1 ruangan hanya dipakai untuk 10 s.d. 11 siswa. Adapun ruangan yang digunakan adalah:

1. Ruang Bribil lantai 4
2. Ruang Truntum lantai 4
3. Ruang Kawung Picis lantai 4
4. Ruang Baruna Wicaksana lantai 2
5. Ruang PNF

Sebelum siswa masuk ruangan, diberlakukan protokol kesehatan, siswa memakai masker, cuci tangan, dicek suhu dengan thermo gun, dan pakai hand sanitizer.

Dari seleksi tahap 2 ini akan diambil 30 nilai tertinggi untuk masing-masing mapel untuk dibina untuk persiapan KSN (Kompetisi Sains Nasional) tahun 2021.